La flûte enchantée  fut créée le 30 septembre 1791, deux mois avant la mort de Mozart. Suite à la proposition de E. Schikaneder de créer un opéra en allemand, Mozart se met au travail en mars 1791. Le sujet de l'opéra, emprunté aux “ Contes orientaux ” de Wieland, n'était pas en soi très original. Schikaneder, franc-maçon comme Mozart, entreprend de remanier le texte en y introduisant rites, idéaux et symboles d’inspiration maçonnique. Mais la véritable magie de l'oeuvre revient essentiellement à la qualité de la musique qui va jusqu’à utiliser, avec la science et le bonheur que l’on sait, chorals protestants et chansons populaires.

L'Ouverture

De la Flûte enchantée, Goethe disait qu'elle pouvait se prêter à des lectures multiples, procurant un plaisir simple à la foule et livrant des trésors secrets aux initiés... Le livret de Schikaneder peut, en effet, se lire tout simplement comme une belle histoire féerique ou comme un parcours initiatique si l'on possède les clés des rites maçonniques.

Le sujet de l'opéra est l'éducation de l'être humain à accéder à une moralité plus élevée en acquérant sagesse, amour et bonté. Les obstacles qu'il doit surmonter sont le prix à payer pour accéder à la connaissance et à l'amour. La vie est la lutte de la lumière avec l'obscurité, du bien avec le mal, du rationalisme avec la superstition, du matriarcat avec le patriarcat.

Par sa poétique, sa couleur harmonique, mélodique et instrumentale, la  Flûte enchantée  est le premier opéra allemand.  

 Dans une nature sauvage, Tamino, poursuivi par un serpent, est sauvé par trois dames, suivantes de la Reine de la Nuit. Papageno, apparu entre-temps, se vante auprès de Tamino d'avoir tué le serpent. Il est puni par les dames qui lui ôtent la parole. Elles confient à Tamino un médaillon représentant Pamina, fille de la Reine de la Nuit, et lui expliquent que Sarastro retient celle-ci prisonnière. La Reine de la Nuit apparaît et promet à Tamino la main de sa fille s'il parvient à la délivrer. Les trois dames libèrent Papageno de sa punition et l'envoient accompagner Tamino au château de Sarastro, après avoir confié à ce dernier une flûte enchantée et, à Papageno, un jeu de clochettes magiques. Dans le château, le geôlier Monostatos a déjoué le plan de fuite de Pamina. Papageno parvient cependant à entraîner celle-ci en la protégeant grâce aux clochettes. Sarastro, qui a capturé Tamino, apparaît alors. Il punit Monostatos. Tamino et Pamina sont réunis un court moment avant d'être menés au temple avec Papageno.

Dans une palmeraie, Sarastro déclare à une assemblée de prêtres avoir enlevé Pamina dans le but louable de lui faire épouser Tamino, après avoir surmonté diverses épreuves. La Reine de la Nuit apparaît, incitant sa fille à tuer Sarastro. Monostatos surprend leur conversation et veut échanger son silence contre la possession de Pamina. Celle-ci refuse. Menacée de mort, elle est sauvée par Sarastro. Dans une salle, Tamino et Papageno vont passer une épreuve.

Trois garçons apportent les clochettes et la flûte, au son de laquelle Tamino surmontera les épreuves. Papageno ne sera pas admis en tant qu'initié, mais il gagnera le coeur de sa Papagena, qui l'aide à sortir du temple avant de disparaître. Pamina est sauvée par les trois garçons qui la mènent à Tamino. Ils passent ensemble la dernière épreuve, grâce à la flûte. Papageno cherche sa Papagena. Les trois garçons lui suggèrent d'agiter ses clochettes et Papagena apparaît, à son grand bonheur. Une dernière tentative de la Reine de la Nuit et de Monostatos pour faire échouer les projets de Sarastro est vouée à l'échec. Celui-ci consacre l'union de Tamino et Pamina dans la beauté et la sagesse.